lunes, 7 de septiembre de 2015

Segunda parte Mapas genéticos

En el articulo “Mapeo de genes en peces: Un medio para un fin” publicado el año 2001 por los investigadores Danzmann y Gharbi, se menciona que el mapa genético o mapa de ligamiento de una especie es una representación del orden lineal de un grupo de genes o marcadores a lo largo del genoma, siendo la distancia entre loci adyacentes proporcional a la frecuencia de recombinación entre los mismos. Los marcadores ordenados se distribuyen en grupos de ligamiento, cuyo número debe corresponder al número haploide de cromosomas de la especie cuando el mapa tiene una cobertura genómica adecuada. En un proyecto genómico, estos mapas de ligamiento facilitan el marco de referencia para el ensamblaje a lo largo de los cromosomas de las secuencias brutas de acido desoxirribonucleico obtenidas en los programas de secuenciación genómica. Sakamoto y sus colegas, en el artículo publicado el año 2000 titulado “Un mapa de ligamiento de micro satélites de la trucha arco iris (Oncorhynchus mykiss), caracterizada por grandes diferencias específicas del sexo en las tasas de recombinación”, mencionan que los mapas genéticos proporcionan por sí mismos importante información acerca de los genomas: Son esenciales para entender el comportamiento de los cromosomas y sus interacciones durante la meiosis; permiten la localización de elementos genómicos estructurales, marcadores moleculares y loci que influyen en caracteres mendelianos pero también la “disección genética de rasgos cuantitativos”, definidos por Lynch y Walsh, en el artículo publicado el año 1998 titulado “Genética y análisis de rasgos cuantitativos”, suministran estimaciones del tamaño genómico y posibilitan el estudio evolutivo mediante mapeo comparativo. Por ello, según Naruse y sus colegas, en el artículo publicado el año 2000 con el título “Mapa detallado vinculado de medaka, Oryzias latipes: Genómica comparativa y evolución del genoma”, en la mayoría de las especies, incluyendo los peces, uno de los principales objetivos de los proyectos genómicos ha sido la obtención de mapas genéticos o de ligamiento.

Danzmann y Gharbi, en el artículo mencionado anteriormente, señalan que los mapas genéticos son esenciales para la identificación y el seguimiento de genes o regiones genómicas de interés económico como los “loci de caracteres cuantitativos” para iniciar programas de selección asistida por marcadores moleculares. De acuerdo con Lee, en el artículo publicado el año 1995 con el título “Marcadores de ADN y programas de fitomejoramiento”, los mapas saturados facilitan información para la clonación posicional de genes, permiten la expansión directa del conocimiento del acervo genético a través de la correspondencia comparativa entre taxones y aceleran la identificación e incorporación de genes deseables en los cultivos al aportar pistas importantes para entender la base biológica de los caracteres complejos. El investigador Cornide, en el artículo publicado el año 1993 titulado “Marcadores moleculares, nuevos horizontes en la genética y selección de las plantas: Construcción de mapas genéticos en especies diploides”, señala que la elaboración de un mapa genético se realiza en tres etapas: (1) Determinación de los grupos de ligamiento, (2) Ordenamiento de los genes dentro de cada grupo de ligamiento y (3) Estimación de las distancias entre grupos de ligamiento con base en las frecuencias de recombinación observadas. Gepts y sus colegas, en el artículo publicado el año 1993 titulado “Enlaces en la cartografía del frijol común”, mencionan que una característica de los mapas de ligamiento genético es que la longitud del genoma, medido en centiMorgans, puede ser influenciado por el polimorfismo entre los progenitores, el número de marcadores y las frecuencias de recombinación. Entre otros la longitud del genoma de Phaseolus se estima en 1250 centiMorgans. Korstanje y Paigen, en el artículo publicado el año 2002 con el título “De loci de caracteres cuantitativos a genes: Comienza la cosecha”, señalan que la aplicación de los mapas genéticos para la detección de loci de caracteres cuantitativos, ha ofrecido resultados consistentes en diferentes especies. Los loci de caracteres cuantitativos se identifican dentro del genoma de una planta con base en el principio de asociación entre los marcadores moleculares polimórficos y el fenotipo de los individuos de una población de mejoramiento.

Según Tanksley, en el artículo publicado el año 1993 titulado “Mapeado de polygenes”, tres métodos ampliamente utilizados para la detección de loci de caracteres cuantitativos son: El análisis de un simple marcador, el mapeo por intervalos simple y el mapeo por intervalos compuesto. En palabras de Mora y sus colegas, en el artículo publicado el año 2008 con el título “Mapeo de loci de caracteres cuantitativos usando un enfoque multivariado” La mayoría de los métodos de mapeo de loci de caracteres cuantitativos usados actualmente se basan en la utilización del principio del mapeo por intervalos. El grado de localización necesario para los loci de caracteres cuantitativos individuales varía dependiendo de la característica y del locus estudiado. Tanto la selección asistida por marcadores moleculares como la separación de un loci de caracteres cuantitativos benéfico de uno deletéreo estrechamente ligado serán frecuentemente efectivas con la localización de un intervalo menor o igual a un centiMorgan. Sin embargo, según Funke y sus colegas, en el artículo publicado el año 1993 titulado “Cartografía física de una región en el genoma de la soja que contiene secuencias duplicadas”, el aislamiento de genes en intervalos cada vez menores es necesario debido a que las regiones del genoma de las plantas varían ampliamente en sus frecuencias de recombinación por megabase de acido desoxirribonucleico. De ahí que el grado de saturación con marcadores y la cantidad del mapeo fino requerido para cada loci de caracteres cuantitativos puede variar dependiendo del grupo de ligamiento y del número de loci de caracteres cuantitativos implicados.

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